Parmi les nouveaux effets révolutionnaires intégrés aux programmes d'effets principaux, on trouve le délai multi-tap, qui permet de régler chaque niveau de temps et d'équilibre, le panoramique circulaire et la hauteur intelligente, qui ajoutent de l'harmonie grâce à un enregistrement interne sur des tonalités et gammes spécifiques. Les échos stéréo et quadruples tempo enrichissent également l'expérience Yamaha SPX990 avec de nouveaux effets attrayants.
Avec une fréquence d'échantillonnage de 44,1 kHz, le Yamaha SPX990 offre une réponse en fréquence complète et plate de 20 Hz à 20 kHz pour un son d'effet exceptionnellement propre et « transparent », ainsi qu'une capacité d'interface numérique directe le rendant compatible avec les systèmes audio les plus modernes.
Les programmes d'effets prédéfinis peuvent être modifiés, renommés et enregistrés dans n'importe lequel des 80 emplacements mémoire RAM. Chaque programme d'effet dispose de paramètres individuels d'égalisation paramétrique à 3 bandes et de filtre dynamique pour un réglage précis du son.
Outre les paramètres d'effets et d'égalisation de base, le Yamaha SPX990 propose une liste de « paramètres internes » permettant un contrôle précis du son. Le Yamaha SPX990 est également compatible MIDI, avec une entrée MIDI IN pour la sélection des programmes d'effets et une sortie MIDI THRU/OUT commutable.
En mode OUT, les programmes modifiés stockés dans la mémoire RAM interne peuvent être transférés vers un enregistreur de données MIDI ou d'autres périphériques de stockage. Ces programmes peuvent ensuite être rechargés via l'entrée MIDI IN.
Pour plus de commodité, les bornes d'entrée et de sortie analogiques du Yamaha SPX990 peuvent être commutées pour correspondre à des niveaux de ligne de -20 dBm ou +4 dBm, assurant ainsi la compatibilité avec une plus large gamme d'équipements audio. Un emplacement pour carte mémoire (RAM optionnelle) permet un stockage externe pratique des données et l'enregistrement de programmes d'effets.